Het hoogste orgaan van de euregio is de Scheldemondraad. In de Scheldemondraad zetelen de gouverneurs van Oost-Vlaanderen en West-Vlaanderen, en de Commissaris van de Koningin van Zeeland. Daarnaast zijn de provinciale gedeputeerden bevoegd voor grensoverschrijdende samenwerking lid, alsmede gemeentelijke vertegenwoordigers en vertegenwoordigers namens de provincieraden (Vlaanderen) en Provinciale Staten (Zeeland).

Onder de Scheldemondraad fungeren drie gemeentelijke clusters, waarin bijna alle grensgemeenten zijn vertegenwoordigd. Bovendien zijn er acht vakgroepen, waar vooral provinciale bestuurders binnen hun bevoegdheden grensoverschrijdend samenwerken. Regelmatig worden er tijdelijke werkgroepen opgericht, als er rond specifieke thema's of projecten wordt gewerkt. De gemeentelijke clusters, de vakgroepen en werkgroepen werken autonoom én voeden de Scheldemondraad met thema's waarrond grensoverschrijdend oplossingen moeten worden gevonden.

Een apart onderdeel van de structuur is Eures Scheldemond. Eures werkt aan de grensoverschrijdende arbeidsmarkt; de regie bij dit initiatief is in handen van de VDAB in Vlaanderen en het CWI in Nederland.

Alle verschillende overlegorganen, werkgroepen en projectgroepen worden ondersteund door het secretariaat. Binnen het secretariaat is ook een contactpunt gevestigd voor Interreg Vlaanderen-Nederland.